Вообще-то язык логичен. И пунктуация становится чем-то понятным и родным, если захотеть рассуждать. Я говорю «захотеть» потому, что «смочь»-то способен каждый, особенно человек с техническим складом ума. Логика ведь как явление одна на все области, так что отмазки «Ну не даются мне эти ваши гуманитарные кружавчики!» не работают. (Это я ворчу, но на самом деле воодушевляю!.. Не надо бояться, и всё получится.)

Потому и закономерно, что есть места, которые человеку, постигшему логику языка, царапают логическую мышцу. И мышцу интуиции — у кого именно она рабочая — тоже заставляют чесаться. И подтачивают доверие к самому себе. Ну например:

Я прощу его, только если он прилюдно покается и назовёт себя раздолбаем.

Что первым делом думает человек, хоть немного чувствующий язык?
Правильно. «За каким чёртом тут запятая?»

И в плане логики против запятой много факторов. Навскидку:

1. Тесная связь между частями. Словосочетание «тесная связь» о-очень часто упоминается в тех же справочниках как аргумент против знаков препинания, поскольку знаки — это, по сути, разделители. «Он пришёл выспавшийся и довольный» — главное то, что пришёл довольный будто кот. «Он пришёл, выспавшийся и довольный» — главное, что пришёл, а котейство — приятный бонус.

А в случае с «только если» главное — условие, которое оскорблённая девушка поставила нашему герою. И тем не менее.

2. Структурно запятая должна стоять в другом месте. Легко проверить, если вставить конструкцию, от которой у многих редакторов (не у меня, если что) дёргается глаз:

Я прощу его только в том случае, если он прилюдно покается и назовёт себя раздолбаем.

Когда конструкцию из фразы убирают — за компанию убирают и запятую. Например, вот исходник:

Я знаю и то, что вы замыслили, и то, как собираетесь это сделать.

Убрали «оплот занудства»:

Я знаю и что вы замыслили, и как собираетесь это сделать. [Розенталь, справочник по русскому, раздел 10, параграф 33.]

3. Вытекает из предыдущего. Если уж запятую оставить, то по идее должна она быть после «только».

Я прощу его только [вот здесь типа запятая] если он прилюдно покается и назовёт себя раздолбаем.

Тогда частица «только» прилепляется к главной части и сразу понятно, что предложение без грозного девушкиного условия теряет смысл. Но тут включается человеческий фактор: даже мне такая постановка режет взгляд просто потому, что режет и всё (оттого не поставила и в примере, чтоб нервы кому-то не расчесать). Лучше уж действительно убрать её по принципу, о котором говорилось в п. 2.

Но сейчас — если посмотреть на фразу с «в случае, если» и без него — получается, что запятая блуждает. Нет, такое явление есть — например, у союза «потому что» и парочки ему подобных. «Я сказал тебе это потому, что ты точно поймёшь» — акцент на причину. Признание в любви оппоненту. «Я сказал тебе это, потому что ты меня радуешь» — акцент на мою откровенность, и до кучи пояснение, почему я тебя удостоил доверия.

Однако в этом случае (и аналогичных ему) есть железная логика. В ситуации с «только если» логики нет.

Логично только в одном варианте. Представим, как девушка говорит:

— Я прощу его…

Тут она задумывается… ведь хочет простить… но нельзя. Гордость не позволяет. Тогда она томно опускает глаза и заставляет себя прибавить:

— …только если он прилюдно покается и назовёт себя раздолбаем.

Вот так можно подогнать конкретную сцену под пунктуацию. Но в жизни такая сцена разыгрывается гораздо реже, чем сцена «без пауз и размышлений» — когда человек просто называет условия для чего-то. Конструкт «только если» прежде всего прагматичен.

…В свою очередь, аргумент за запятую лично я могу назвать всего один. Мол, это всё-таки сложноподчинённое предложение. И, мол, если рассуждать про тесную связь, так можно вообще выкосить запятые в половине случаев. Дело в том, что сложноподчинённые предложения (далее — СПП) в принципе делятся на два типа:

1. Те, у которых придаточную чаще всего можно безболезненно вынуть: будет чуть меньше информации, но грамматика никуда не рухнет. «Он пошёл извиняться, хотя ноги подкашивались». Это так называемое СПП расчленённой структуры. О ватных ногах можно не говорить, если стыдно или не хочется.

2. Те, у которых придаточную вынуть уже не получится: окажется не по-русски. «Он пошёл извиняться и произносить то, что страшно произносить». Это СПП нерасчленённой структуры. Что произносить-то? — спросим мы, если убрать придаточную.

Кстати, составные союзы вроде «потому что» и иже с ними, у которых запятая блуждает (о них говорили выше), — за счёт этого блуждания могут превращать конструкцию из расчленённой в нерасчленённую и обратно. Это можно сравнить с оградой у дома: вот закопали мы клад [союзное слово] за оградой [запятой] — и всё, мы вроде как ни при чём, оно не наше, кто хочешь бери. Расчленённое. А закопаем его в ограде (или хитренько перетащим её, как в мультиках, чтобы она обняла собой место закопки) — и мы в ответе и за сам клад, и за налоги, и за всю его долгую авантюрную историю. Он как бы тянет за собой остальное, и оно с нами неразрывно. Нерасчленённое.

В случае с «только если» справочник нам стремится внушить, что здесь то же самое: «только в том случае, если…» — нерасчленённое, «только если» — расчленённое. Но не выходит. Сова на глобусе.

Самое смешное — что даже специалисты, повелители справочников и закрепители новых норм, и те делают оговорку именно в этом случае. «Грамота.ру», отвечая на вопрос пользователя, что запятая нужна, прибавляет: «…несмотря на то, что интонация такой постановке не соответствует».

Однажды попался мне схожий случай, когда лингвист разводит руками. Спрашивали что-то там про значение слова, которого (значения т. е.) вроде в словарях нет, но сейчас все кому не лень его вкладывают. Ответили: «Живой язык всегда чуть-чуть впереди закреплённой нормы, это нужно просто принять». Собственно, это и есть ключ к пониманию языка, и хорошо, что так, потому что благополучный язык развивается медленно. Это парадоксально лишь на первый взгляд. А на деле он а) уже и так богат и б) очень стабилен, потому и всё новое фиксирует с ленцой и относительно поздно — только когда убедится, что оно стоит того.

Так и с нашим «только если» велика вероятность, что ситуацию пересмотрят и придут к новой норме — той, что не царапает и не чешет. Потому что язык для людей.